Сиквел боевика о противостоянии элитного отряда спецназа G.I. Joe и террористической организации «Кобра» разворачивается сразу после событий первой части картины. Главный антагонист Зартан, используя секретные технологии клонирования, занял пост президента США и разработал план по полному уничтожению отряда, который мешает его планам по захвату власти над всем миром.
