После событий предыдущей части истории два величайших титана планеты оказались втянуты в противостояние, масштабы которого превышают все их прежние битвы. Годзилла, чьи способности изменились после контакта с энергией Острова черепа, чувствует, что из глубин Земли идет угроза, способная уничтожить не только человечество, но и всех существ, подобных ему.
